Forum: Diğer Konular RSS
DNA Arama Algoritması
Biyolojik Bir Deneyin Bulgusu
Avatar
Salih Dinçer #1
Üye Ock 2012 tarihinden beri · 1912 mesaj · Konum: İstanbul
Grup üyelikleri: Üyeler
Profili göster · Bu konuya bağlantı
Konu adı: DNA Arama Algoritması
Meğer RecA/DNA kompleksi, çamaşır ipindeki gömlek gibi değil de bir ahtapot gibi farklı yerlere tutunarak arama yapıyormuş...

Bu sıralama algoritmalarındaki (örn. quick sort) gibi dizinin farklı yerlerinden pivot bulmak gibi. Yani Divide&Conquer (Böl ve Yönet) mantığıyla uyuşuyor.

Çok ilginç...:)

Önerilen modelleri test etmek için iki zincirli DNA dizisini iki küçük polistiren tanecik arasında gererek halter şeklini alması sağlandı (Sağdaki resimde Polisitren taneciklerin (sarı yuvarlaklar) arasında DNA zincirinin (yeşil) gerilmesiyle oluşan halter biçimi ve DNA zinciri üzerindeki RecA/DNA kompleksi (kırmızı) görülüyor). Lazer yardımıyla polistiren tanecikler yerlerinde sabit tutulabiliyor veya taneciklerden birinin yönlendirilmesiyle DNA dizisinin bobin gibi sarılı hale getirilmesi mümkün oluyordu. Daha sonra bu ortama RecA ve başka bir DNA parçacığı ikilisini ekleyen araştırmacılar, birbirleriyle temas halindeki bu ikilinin DNA dizisine, dizinin gerili bulunduğu halde mi yoksa bobin gibi sarılı bulunduğu halde mi daha iyi bağlandığını gözlemlediler. Sonuç bobin gibi sarılı bulunduğu haldeyken daha kısa sürede ve en verimli şekilde hedefe bağlandığı oldu.
[Resim: http://haber.sol.org.tr/sites/default/files/fotograf/reca2.jpg]
Bulgular RecA'nın DNA boyunca kayarak değil, karmaşık halde duran DNA yığınına aynı anda birçok noktadan temas ederek uygun yeri bulduğu şeklindeki modeli destekliyordu. Yani önünüzde bir tabak spagetti olduğu düşünüldüğünde, protein/DNA kompleksi, tek bir makarna üzerindeki küçük bir noktayı aramak için makarnaları yığın halinde tutup hızlıca bakma yolunu kullanıyordu. Ucuca eklenmiş makarna zinciri üzerinde, her an sadece bir noktayı yoklayarak uzun zincir üzerinde kayma yolunu değil.
Tamamı: http://haber.sol.org.tr/bilim-teknoloji/dna-zincirleri-esl…
Bilgi paylaştıkça bir bakmışız; kar topu olmuş ve çığ gibi üzerimize geliyor...:)
acehreli (Moderatör) #2
Kullanıcı başlığı: Ali Çehreli
Üye Haz 2009 tarihinden beri · 4527 mesaj
Grup üyelikleri: Genel Moderatörler, Üyeler
Profili göster · Bu konuya bağlantı
İlginç. Bobin haldeyken birden fazla noktaya bakabilmesi 'skip list' veri yapısını hatırlatıyor:

  http://en.wikipedia.org/wiki/Skip_list

Arama algoritmaları arasında da bunu çağrıştıran trot() ve gallop() var:

  http://www.d-programming-language.org/phobos/std_range.htm…

  http://www.d-programming-language.org/phobos/std_range.htm…

Aslında ikisi de sıralı arama algoritmalarıdır ama tek adımla değil, büyüyen adımlarla ararlar.

Ali
Doğrulama Kodu: VeriCode Lütfen resimde gördüğünüz doğrulama kodunu girin:
İfadeler: :-) ;-) :-D :-p :blush: :cool: :rolleyes: :huh: :-/ <_< :-( :'( :#: :scared: 8-( :nuts: :-O
Özel Karakterler:
Bağlı değilsiniz. · Şifremi unuttum · ÜYELİK
This board is powered by the Unclassified NewsBoard software, 20100516-dev, © 2003-10 by Yves Goergen
Şu an: 2017-11-18, 04:01:18 (UTC -08:00)